En bref

Je suis actuellement doctorante à la Donald Bren School of Information and Computer Sciences de l'University of California, Irvine sous la direction de Pierre Baldi. Je m'intéresse principalement à l'intelligence artificielle et à l'apprentissage statistique, et à leur application à des données biologiques et chimiques, particulièrement dans le domaine de la recherche médicamenteuse. Ma recherche porte principalement sur la prédiction des propriétés de petites molécules, le criblage virtuel, la prédiction de réactions chimiques, et le docking.

Informations Personnelles

Née le 7 janvier 1985
Célibataire
Nationalité: Française
Contact: cazencot [at] ics [dot] uci [dot] edu

Recherche et Publications

Mars 2009 Chloé-Agathe Azencott, Matthew A. Kayala and Pierre Baldi. Combining quantitative data and qualitative knowledge to score reaction energies, ACS National Meeting, Spring 2009, Salt Lake City, UT.
Février 2009 S. Joshua Swamidass, Chloé-Agathe Azencott, Ting-Wan Lin, Hugo Gramajo, Sheryl Tsai and Pierre Baldi. The Influence Relevance Voter: an Accurate and Interpretable Virtual High Throughput Screening Method, J. Chem. Inf. Model., 2009. DOI: 10.1021/ci8004379.
Avril 2008 Chloé-Agathe Azencott and Pierre Baldi. Virtual High-Throughput Screening With Two-Dimensional Kernels, in Hands-On Pattern Recognition Challenges in Data Representation, Model Selection, and Performance Prediction, I. Guyon, G. Cawley, G. Dror, and A. Saffari Editors, Lulu Press, 2008.(in press)
Août 2007

Présentation invitée au Agnostic Learning vs. Prior Knowledge Workshop à IJCNN 2007 (Orlando, USA)
High-Throughput Screening With Two-Dimensional Kernels [Transparents]

Meilleures performances sur le jeu de données HIVA du Agnostic Learning vs. Prior Knowledge Challenge

Mar 2007 Première place dans la section « Prior Knowledge » pour le jeu de données HIVA du Agnostic Learning vs. Prior Knowledge Challenge

Chloé-Agathe Azencott, Alexandre Ksikes, S. Joshua Swamidass, Jonathan H. Chen, Liva Ralaivola and Pierre Baldi. One- to Four-Dimensional Kernels for Virtual Screening and the Prediction of Physical, Chemical and Biological Properties, J. Chem. Inf. Model., 2007; 47(3) pp 965 - 974; DOI: 10.1021/ci600397p
4 octobre 2006 Présentation au Workshop for Women in Machine Learning (San Diego, USA)
Kernels for Predictive Regression - Physical, Biological and Chemical Properties of Small Molecules [Transparents]
Août 2005 - ... Doctorat:
Prédiction de réactions chimiques organiques
Criblage virtuel (méthodes à noyaux, réseaux de neurones)
Prédiction de propriétés moléculaires par méthodes à noyaux
Docking
 

Distinctions

Mars 2009 Récipiendaire d'une bourse CINF-Symyx d'Excellence Scientifique au 237ème Congrès National de l'ACS à Salt Lake City, UT.
Février 2009 Récipiendaire d'une bourse IBM pour l'année scolaire 2009-2010.
Juin 2008 Nommée membre pré-doctoral à titre honorifique du programme Biomedical Informatics Training de l'Institute for Genomics and Bioinformatics.
 

Etudes

2005 - ... Doctorante en Informatique à l'UCI (University of California, Irvine, USA)
Directeur: Pierre Baldi
Mars - Juil 05 Stage de master recherche dans le Groupe de Bio Informatique de l'Ecole des Mines de Paris, Fontainebleau
Directeur: Jean-Philippe Vert
2004 - 2005 Université de Rennes I, master mention « Génie Mathématique et Informatique »
Spécialité « Logiciel et Méthodes Formelles »
Diplôme obtenu mention « Bien »
2002 - 2005 ENST Bretagne (Ecole Nationale Supérieure des Télécommunications, Bretagne)
1999 - 2002 Classes préparatoires MPSI et MP, lycée Louis-le-Grand, Paris, France
 

Expérience

2005 - ... UC Irvine : Recherche, Institute for Genomics and Bioinformatics
  • Développement et test de noyaux pour petites molécules
  • Docking
  • Développement et test de noyaux pour docking
Juin - Sep 09 IBM R&D Labs (Tel-Aviv, Israel): Stagiaire
Analyse statistique de données SNPs pour le projet HyperGenes
Juin - Juil 08 UC Irvine : Chargée de TD
Introduction to Probabilities and Statistics for Computer Science
Août - Sep 06 UC Irvine : Chargée de TD
Introduction to Artificial Intelligence
Mars - Juil 05 Ecole des Mines de Paris, Fontainebleau : stage de master
  • Implémentation et validation de noyaux pour séquences de protéines
  • Interface web pour le test de noyaux
Sep 03 - Fév 04 Festiv'04 (équipe d'étudiants organisant un festival culturel à l'ENST Bretagne)
Secrétaire et trésorière
 

Projets

Avr - Juin 06 UC Irvine : Projet de cours
Classification d'inhibiteurs de kinase par réseaux bayésiens
Jan - Mars 06 UC Irvine : Projet de cours
SVM pour la prédicition de la mutagénicité, la toxicité et la cancérigénicité de molécules
Sep 04 - Jan 05 ENST Bretagne : Etude bibliographique
Méthodes à noyaux et bio-informatique
Fév - Juin 04 Engineering School of Copenhagen: Projet Erasmus
Travail en équipe internationale sur la proposition d'une solution multimedia pour promouvoir un programme scolaire
Fév - Juin 03 ENST Bretagne: Projet Algorithmique et Programmation
Travail en équipe sur la conversion de code d'un programme C program pour l'estimation de trafic sur un réseau en une applet Java
 

Compétences

Apprentissage statistique Modèles graphiques, réseaux bayésiens, modèles markoviens, méthodes à noyaux et SVM, réseaux de neurones.
Chemo-informatique OEChem, OpenBabel, chimera, DOCK, Amber, NAMD, VMD, AutoDock.
Programmation Python, C. Expérience avec Java, Matlab, R. Bases de C++, Caml.
Systèmes d'exploitation GNU/Linux, Unix, MS Windows.
Langages web HTML, JavaScript, CSS, PHP.
 

Langues

Français Langue maternelle
Anglais Courant
  • Cambridge Advanced Exam obtenu avec mention B (2004)
  • SPEAK, 50/60 (2006)
  • aux Etats-Unis depuis le 25 août 2005
Allemand Niveau correct
Zentrale Mittelstufenprüfung (Goethe Institut), obtenu mention Bien (2004)
Espagnol Débutante
 

Loisirs

Musique Violon-alto, orchestre, musique de chambre
Chant choral
Sports Natation, danse (swing, salsa, tango argentin, danse de salon)
Autres Théâtre, photographie, voyages, écriture