OERMSD(mol1,mol2,automorphflag=True,heavyOnly=True,
overlayflag=False,rmat=None,trans=None)
OERMSD(mol1,mol2,OEMatchBase,overlayflag=False,
rmat=None,trans=None)
OERMSD(OEDoubleArray1,OEDoubleArray2,overlayflag=False,
rmat=None,trans=None)