Driver for PDB2PQR
 
This module takes a PDB file as input and performs optimizations
before yielding a new PDB-style file as output.
 
Ported to Python by Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Washington University in St. Louis
 
Parsing utilities provided by Nathan A. Baker (baker@biochem.wustl.edu)
Washington University in St. Louis

Modules
		copy getopt math os src.pdb src.protein re src.routines xml.sax src.server string src.structures sys time src.utilities

Functions
		getAvailableExtensions(displayflag=0) Grab available extensions from the extensions directory   Parameters     displayflag: Display the error message if 1 Returns     extensions: A map containing the extensions name and                 the module instance. mainCGI() Main driver for running PDB2PQR from a web page mainCommand() Main driver for running program from the command line. printHeader(atomlist, reslist, charge, ff, warnings, options) Print the header for the PQR file   Parameters:     atomlist: A list of atoms that were unable to have               charges assigned (list)     reslist:  A list of residues with non-integral charges               (list)     charge:   The total charge on the protein (float)     ff:       The forcefield name (string)     warnings: A list of warnings generated from routines (list)     options:  A dictionary of command lnie options (float) Returns     header:   The header for the PQR file (string) runPDB2PQR(pdblist, ff, options) Run the PDB2PQR Suite   Parameters     pdblist: The list of objects that was read from the PDB file              given as input (list)     ff:      The name of the forcefield (string)     options: A dictionary of PDB2PQR options, including:              verbose: When 1, script will print information to stdout                       When 0, no detailed information will be printed (int)              debump:  When 1, debump heavy atoms (int)              opt:     When 1, run hydrogen optimization (int)              ph:      The desired ph of the system (float)              outname: The name of the desired output file Returns     header:  The PQR file header (string)     lines:   The PQR file atoms (list) usage(rc) Print usage for this script to stdout.   Parameters     rc:  Exit status (int)

Data
		AAPATH = 'dat/AA.xml' ANGLE_CUTOFF = 20.0 BACKBONE = ['N', 'CA', 'C', 'O', 'O2', 'HA', 'HN', 'H', 'tN'] BONDED_SS_LIMIT = 2.5 BUMP_DIST = 2.0 BUMP_HDIST = 1.5 CELL_SIZE = 2 DIHEDRAL = 57.2958 DIST_CUTOFF = 3.2999999999999998 HDEBUG = 0 HYDPATH = 'dat/HYDROGENS.xml' LIMIT = 500.0 LOADPATH = '/proc/loadavg' LOCALPATH = '/export/home/www/html/test/' LOGPATH = '/export/home/www/html/test//tmp//usage.txt' NAPATH = 'dat/NA.xml' PATCHPATH = 'dat/PATCHES.xml' PEPTIDE_DIST = 1.7 REFRESHTIME = 10 REPAIR_LIMIT = 10 SMALL = 9.9999999999999995e-08 STYLESHEET = 'http://agave.wustl.edu/css/baker.css' TMPDIR = 'tmp/' WEBNAME = 'server.html' WEBSITE = 'http://agave.wustl.edu/test/' __author__ = 'Todd Dolinsky, Nathan Baker' __date__ = '28 February 2006' __version__ = '1.1.0'

Author
		Todd Dolinsky, Nathan Baker